一、区域目标

  区域目标从关注人类生活质量出发，包括改善退化河流环境的美学价值与保护文化遗产和历史价值。这样，那些看似“无用”的环境价值可能成为河流恢复工程的目标之一，但有时河流的美学价值和科学价值并不一致。例如，在以娱乐休闲为目标的恢复工程中，虽然可策划其他公共目标，但基本出发点是不同的，只有在保护目标与运动、垂钓等娱乐休闲活动在经济利益上一致时，才有利于生态恢复的启动。河流生态恢复可以直接由区域行动来发起，也可以通过“以河流为荣”的理念借助社区凝聚力或增强环境意识来实现。而且，这些恢复往往均以生态目标为导向，在一些项目中，需要进行中心交易，以实施恢复项目中的某些替代方案。

  二、专项目标

  专项目标多数由河流管理机构发起。1992年里约热内卢全球首脑会议指出：河流规划与管理必须在河流环境可持续原则的指导下向生态与保育方向发展。但事实上，许多河流的管理以生态恢复为保护伞，人们只采用一些“传统”的河流管理措施，河流的防洪工程就是一个典型例子。而重新淹没河滩地、重建河岸林与蓄水池等一系列措施，虽然既可以恢复湿地生境，又有利于下游区域抵抗洪灾，但这些措施基本上与人们长期形成的河流保护观念相悖，因此实施起来很难。目前，河流恢复的专项目标还包括减小河道系统的不稳定性、减少有关淤泥维护费用和改善水质（DO含量）等措施，这些目标往往与生态效益有关。例如，新型河流管理战略不仅有利于减少河床细沙含量，而且有利于改善鲑鱼属鱼类的产卵环境。但这些生态改善措施仅仅是河流生态恢复众多目标中的—项而已。

  三、生态目标

  河流生态恢复目标多种多样，为达到各项目标之间相互平衡，必须有一个“折中”目标。但只有从生态角度出发，确立的整体目标才能有效地改善河流功能。也只有这样，才能改善河流生物多样性、动植物群落和河流廊道。因此，生态目标确定的一个关键因索就是明确目标动植物群落生存发展所要求的物理生境条件，包括鉴定目标物种、了解不同发育阶段的生境需求以及掌握与目标物种有依赖或共生关系的物种的生境需求。以上鉴定工作有助于地理学家和工程师利用河流生态系统现状特征做出可持续的河流生境规划，而且，这一规划可以作为河流防洪、改善娱乐休闲空间等河流管理目标的框架。